Frekventne distribucije periodičnih struktura u genomskoj sekvenci

Vurnek, Krešimir (2012) Frekventne distribucije periodičnih struktura u genomskoj sekvenci. Diploma thesis, Faculty of Science > Department of Physics.

[img] PDF
Restricted to Registered users only
Language: Croatian

Download (813kB)

Abstract

TRF (eng. tandem repeat finder) baziran je na usporedbi stringova i korištenju modela vjerojatnosti kao kriterija za prepoznavanje. On može imati problema sa ponavljanjima u kojima postoje veće supstitucije, umetanje ili brisanje. Isto tako znaju mu biti problematične velike ponavljajuće jedinice (>2kb). SRF (eng. spectral repeat finder) mapira genomsku sekvencu u numeričku koja se dalje analizira diskretnom fourierovom transformacijom. On može proizvesti numeričke artefakte i rezolucija mu nije jako velika. Različiti algoritmi primijenjeni na istu genomsku sekvencu koja ima strukture višeg reda mogu se razlikovati u ocjenama i detektiranju ponavljajuće strukture. Čak niti kada se više algoritama koristi istovremeno u pokušajima da se nedostaci jednog algoritma nadopune jačim stranama drugih rezultati su često teški za interpretaciju i jako ovise o parametrima koje odaberemo za analizu. Sa svim tim na umu krenulo se na potpuno drugačiji pristup analizi ponavljanja sekvenci. Razvijeni su K-string algoritam i GRM (eng. global repeat map) algoritam. Njihova svojstva i praktična primjena na analizi genetskog koda ljudskog kromosoma 5 bit će predmet ovog rada.

Item Type: Thesis (Diploma thesis)
Keywords: K-string algoritam ; GRM algoritam ; genetski kod ljudskog kromosoma 5
Supervisor: Paar, Vladimir
Date: 12 October 2012
Number of Pages: 33
Subjects: NATURAL SCIENCES > Physics
Divisions: Faculty of Science > Department of Physics
Depositing User: Gordana Stubičan Ladešić
Date Deposited: 24 Jan 2014 22:41
Last Modified: 19 Oct 2015 12:27
URI: http://digre.pmf.unizg.hr/id/eprint/259

Actions (login required)

View Item View Item

Nema podataka za dohvacanje citata